应急队专家评估认为，因水源水被洪水污染，有可能导致水源性疾病的发生；部分食品被洪水浸泡污染，存在肠道传染病发生的风险；灾区积水难以在短期内消退，蚊虫的孳生不可避免，且在短期内难以有效控制，存在登革热等蚊媒疾病的发生隐患。

为确保灾后“零疫情”，针对存在的风险，疾控专家紧急开展防疫工作：开展饮用水和环境的消毒；加强厨房、厕所等重点环境的清洁消毒工作；指导群众开展垃圾、淤泥的清理和卫生死角的整治工作，清除蚊虫孳生地；协助当地卫生部门建立灾后症候群症状监测系统；向灾区群众宣传与灾害有关的传染病防治知识，增强群众的自我保护意识和防病能力。

截至目前，受灾地区未发生传染病疫情和食物中毒事件等突发公共卫生事件。