使中医学完成以生命科学为主体医疗模式的方法论转向，在当代同样存在着应首先解决的是生命科学研究中的哲学问题和对基本理论模式的推定问题。

　　包括中医学在内的生命科学，是中国古代文化中的瑰宝，其在先秦文化中，就已经成熟并被包容于儒学和道学之中。生成于中国文化中的这种生命科学形式，因有其相应的哲学为基础，所以不能以西方的科学理论和科学规律进行界定或者类推。笔者在研究中，根据形而中论的哲学原理，把以生命科学为代表形式的中国科学以其本质性界定为形上性科学，把以声光电化为代表形式的西方科学以其本质性界定为形下性科学，从科学的基本性上解决了这一研究领域存在的问题（例如“李约瑟问题”等）。具体推论请参考拙作《追寻中国科学精神》一书。

　　我们知道，中国当代的生命科学研究由“气功热”所引发，由于没有相应的基础理论之准备，所以，生命科学的基础理论研究的滞后始终成为制约研究中的问题。这些问题表现出当代文化模式与“气功”文化的母体──中国文化的非统一性，尤其是其中的哲学问题成为问题中的问题。因此，对这些问题的反思将推动哲学、文化与科学的进步。对生命科学的哲学问题的思考，不但使人类文化的本质性和科学的本质性问题得以澄清，而且使哲学在这一过程中带来自身的革命，哲学将在对存在本体的新认识中突破旧的模式，将在对人类终极关怀中建立人类的哲学。而且，只有在这一哲学理路中，使生命科学的本体论问题得到化解，从而推动生命科学的研究。在这一过程中将推定人类存在的本质性，使人类的文化在存在的本体性形式上解决终极关怀问题。

　　所以，深入探索生命科学研究中的基础理论问题，使当代以来产生的“气功热”向健康的方向上发展及对社会产生积极的影响，是这一工作中的极其重要的组成部分。由于人的存在的终极关怀问题是人的思想和行为的价值主体（生命是一切其他价值所推定的主体），加之中国社会从八十年代以来开始了稳定、健康和政治宽松的进步时期，人们的价值主体意识在一定的程度上被社会政治意识形态所认同。在这种社会氛围中，人们开始有条件以价值主体出发关怀自身的存在问题，开始有条件选择医疗保健措施，以达到增强身体健康和延长生命之目的。基于自身的医疗经验，普遍的共识认为常规的西方医学的方法不能在最基本的价值本体的意义上达到上述目标。因此，从中国古代社会就产生的，被先秦儒学和道学及两汉以后的道教已经证明的行之有效的 “气功”修炼方法，就成为人们选择的强身健体的锻练方法。但是，由于当代人们的思维方式、语言内涵与古代大不相同，加之当代人的社会存在形式与古代（产生 “气功”的）自在形式相差悬殊，更加之当代人们习惯于用西方的科学方法和科学主义的价值观评介气功修炼，这就形成了一系列的理论问题，尤其是其中的基础理论问题。由于古代“气功”流派众多，各执其一，良莠参杂，令人难辨真伪。问题表明，当代的“气功”热始于社会自发性，而不是出于中国文化和哲学的理性。出于实用的心态，这使生命科学的研究相对被动，因此表现出基础理论研究的薄弱。由此可知，在生命科学研究中进行基础理论方面的研究，以确定“气功”功理功法的普遍意义，使人的价值本体在正确的方法论中达到自在，是当前生命科学研究中的重要工作。而这一工作，也只有人类社会发展到今天，在具备了可供反思的人类学、社会学、政治学、生理学、医学及科学学等成熟的具有外在价值的理论和实践的基础上，人类的认识在确立了价值主体并证明其是唯一最高的价值时才有可能完成。

　　从哲学而言，在当代的文化模式中发生的“气功热”，实质上是当代主流文化观的“异化”，因为无论从何种意义而言，以“气功”为形式表现出的中国文化的本质性与当代的主流文化观是不兼容的。这实际生成了下面的悖论──以中国现代主流文化的西方哲学思维推定中国古老的“气功”。所以，这些主流哲学和文化观念上的问题，在实践中成为练功者的心里障碍，练功者需具备的无私、无为等心里素质，与当代的价值取向（尤其是商品经济的价值观）显然是相悖的。因此，对气功修炼者的文化心里素质的研究表明，社会上产生的广泛的群众性的气功热，存在着文化上的障碍，存在着基础理论的困难，存在着哲学认识论的问题。这些，也是存在于生命科学研究者中的问题。“气功热”以来产生的问题表明，由于在研究中缺少对中国传统哲学文化方面的基础性研究，因此发生了所谓的反对伪科学的问题，当然，以伪科学贯之于这些问题显然出于科学主义的价值观，尽管能说明批评者的心态，但是，由于这种批评不具备本体论意义，因此终非正确，而其中所反映出的哲学和文化价值观问题对批判者和被批判者都是具有同一性的问题。对于用反对伪科学为武器的批判者而言，把孩子和脏水一同倒掉（例如于光远、何柞庥、司马南等人出于意识形态的价值承诺而不是出于理性的承诺而进行的批判）。对于被批判者而言，由于缺少文化的主体意识或出于某种目的，把脏水叫孩子喝掉（例如有的气功门派声称不二法门，修者必需将原来所习所修的知识及书籍等忘掉和烧毁等，这种做法不但有违于文化发展的规律，同时也造成人的文化道德修养的失落）。试问，没有文化能有今天的文化架构从而能使人们认识气功吗？这些就不是用所谓反对伪科学能解决的问题，因为用西方的形下性的科学承诺真理并批判中国形上性的生命科学，由于形下性和形上性的不同，实质上因其不能自圆其说而处于两难困境。反对伪科学和把气功称为科学由于同样不知其形上性和形下性的区别，这将使人们的认识陷入严重的误区。这些乃是非理性的行为，发展下去，这是对文化的反动，是对生命科学研究及文化理性的扼杀。因此，“气功”修炼的文化学、人类学意义及其哲学基础理论和科学的形上性和形下性的不同形式问题，应引起生命科学研究者的极大重视。

　　目前生命科学研究的方法论表明，仅仅以西方自然科学的方法研究人体的某些“气功”作用下的物理现象以作出某种科学的解释显然是不够的，更主要的基础性的工作即哲学和文化的研究还没有在应有的层次上展开，这使得理论上的混乱和造成研究中的困难就不可避免。这一问题，从一些当前发行的气功杂志和理论刊物的论点中略见一斑。因此，应在当前的生命科学研究中重视基础理论方面的研究，尤其重视生命科学的哲学和文化问题，在解决了上述的基础理论问题之后，生命科学研究才会深入和健康的发展。而这一进程表明，人类社会发展到当代，由于价值主体的反思和被重新确立，将使西方自然科学的模式由形下性转化为形上性，在中国生命科学对终极关怀的承诺中，使生命科学研究具有人和社会存在形式的必然统一性。

　　当代的生命科学研究表明，由于哲学思维自在于研究中的作用，并由于有相当多的研究者的哲学思维束缚于西方哲学的模式，使生命科学的研究因哲学思维方式上的问题，出现了一些误解和争论，没有产生突破性的研究成果。黑格尔认为：“既然文化上的区别一般地基于思想范畴的区别，则哲学上的区别则更是基于思想范畴的区别”（黑格尔：《哲学史讲演录》商务印书馆1959年9月新1版第1卷第47页）因此，如果说以形下性的西方科学的模式承诺并生成了西方的医学体系，这由其哲学的统一性所决定，那么，形上性的中国生命科学也只能是中国哲学生成的科学形式。所以，如果不是出自于理性，而是以几十年来养成的西化的思维定势、那种被异化的文化价值观及其对意识形态上的承诺，因此以西化的概念和范畴作为坐标系进行中国的生命科学研究，那么，显然由于中国生命科学研究的形上性，其概念范畴在两种科学形式及本质上的非统一性，将造成理解中国生命科学的严重误区。