①细菌性肝脓肿：常先有胆道、阑尾等化脓性疾病史，发病急骤而重，常伴明显脓毒症状，白细胞计数尤其中性粒细胞显著增高，超声显示不少为多发性脓肿，穿刺所得脓液常呈黄白色、有臭味，涂片或培养有菌，常有转移性脓肿出现，用抗阿米巴治疗无效。但与继发细菌感染的阿米巴肝脓肿颇难鉴别。

　　②肝囊肿：通常鉴别上困难。但遇慢性阿米巴肝脓肿而不们临床明显炎症表现者，或肝囊肿伴感染者亦需细心鉴别。超声显像与穿刺所得脓液的特征有助鉴别。

　　③肝包虫囊肿：通常亦不难鉴别，但遇包虫囊肿合并感染者亦宜细察。疫区居住史与包虫皮试阳性乃肝包虫囊肝两个特征。

　　④原发性肝癌：在合并癌中心坏死液化伴癌热者宜细心鉴别，尤其是阿米巴肝脓肿尚未十分成熟，即未完全液化者，颇难鉴别。在此类伴未完全液化病灶的对象，肝穿刺宜谨慎。但结合肝炎、肝硬化与乙型肝炎病毒感染背景。AFP阳性，超声显像示占位性病变周围有晕圈等，鉴别尚有可能。氯喹治疗后发热减退不能完全排除肝癌，应仔细分析，有时需短期随访观察其动态变化。