目前自身免疫病尚无统一的分类标准，可以按照不同方法来进行分类。常用的方法有两种：按发病部位的解剖系统分类，可分为结缔组织病，消化系统疾病和内分泌疾病等。按病变组织涉及的范围分类，可分为器官特异性和非器官特异性。

　　1.器官特异性自身免疫性疾病：病变局限某一特定器官或组织，可检出针对该组织的自身抗体或自身反应性T（致敏）淋巴细胞，如慢性甲状腺肝炎、addison病、自身免疫性溶血性贫血等。

　　2.非器官特异性自身免疫性疾病：病变累及多种组织与器官及结缔组织，如RA、SLE。