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显微切割时究竟选择什么样的细胞完全取决于研究的目的，但如何识别欲切割的细胞及如何对已切割的细胞进行分析，则需要和其它方法相结合。正是由于能与多种分子生物学、免疫学、遗传学及病理学技术结合应用使显微切割技术显示出蓬勃的生命力。根据研究的需要可在显微切割前应用组织化学、免疫组织化学、原位杂交、原位末端标记、原位PCR、FISH、组织特染等方法对需要切割的组织内成分进行标记，显微切割后获得的材料可以用于提取蛋白质、DNA和RNA等用于Western Blot、Southern Blot、Northern Blot、PCR等蛋白质和核酸的相关分析。
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