上呼吸道感染若不及时治疗，炎症可波及其他器官发生相应症状，全身症状亦会加重。常见的并发症可有鼻窦炎、中耳炎、眼结合膜炎、颈淋巴结炎及咽后（或侧）壁脓肿。并发急性中耳炎者，多高热不退，因耳痛哭闹不安、摇头、抓耳，早期鼓膜充血、膨隆，以后穿孔流出浆液或脓液，治疗不及时可影响听力，咽壁脓肿时可出现拒食、吞咽困难、言语不清、头向后仰、张口呼吸等症状，检查可见咽部充血、肿胀，咽壁呈半园形突起，将软腭及同侧咽腭弓向前推移，年幼及体弱患儿，上呼吸道感染易向下发展，引起支气管炎及肺炎。并发肠系膜淋巴结炎时，有脐周阵发性腹痛，无固定压痛点及肌紧张。少数并有细菌感染时对体弱儿尚可引起全身及其他部位的并发症如败血症、脑膜炎、以及肾肾炎医学教育/网搜集整理。

儿童患链球菌感染引起的上呼吸首感染时，常常并发急性肾小球肾炎、风湿热等变态反应性疾病。