粘膜内有许多淋巴小结，突向粘膜表面，数个淋巴小结集聚形成孤立淋巴滤泡，约米粒大，分布于全小肠。在回肠末端20-30个淋巴小结聚集形成集合淋巴滤泡，叫做Peyer板，既向肠腔粘膜表面突出，又向粘膜下层侵入，多排列在系膜缘的对侧，是肠伤寒的易侵部位。小肠壁具有管状器官的四层结构：粘膜、粘膜下层、肌层、外层。小肠粘膜和粘膜下组织向肠腔内突出形成许多环形或螺旋形皱襞，叫做环皱襞，空肠者高而密，回肠者则较低且略稀疏。环皱襞上还生有许多绒毛状小突起，叫做小肠绒毛。