根据细菌的不同生物学性状及其代谢产物的差异，可采用多种生化反应系统鉴定细菌，现已有商品化的成套产品，它多由10～24项生化指标组合而成，通过对结果的判定，得出一个3～7位的数据，查阅编码手册即可获得相应的细菌名称。本系统亦可与计算机联合作用，则更为快速简便。常用的微量生化反应系统有以下几种：
（一）Micro-ID系统
本系统主要用于肠杆菌科的细菌鉴定。它是一块带有15个反应池的塑料板，每个反应池含有一种生化反应培养基及试剂。
（二）API系统
API系统为一块塑料板，上有20个小杯，每个小杯装有不同的生化反应培养基和指示剂。
API系统包括鉴定肠道菌的API-20E；鉴定厌氧菌的API-20A等。
（三）Minitek系统
该系统为带有l2个凹孔的塑料盘。包括34种生化反应培养基及指示剂的滤纸片。
（四）肠杆菌-MBl2E系统
该系统为一块96个凹孔的塑料板，分8排。可同时鉴定8份标本。每孔含有一种干燥生化培养基，可提供12项生化反应。
（五）氧化发酵鉴定系统
该系统主要有氧化发酵管可应用于非发酵菌，也可用于气单胞菌等一部分发酵型细菌的鉴定。
（六）E-Test细菌药敏试验
