分选指标主要包括：分选速度、分选纯度、分选收获率及分选得率。

　　1.分选速度：指每秒可提取所要细胞的个数，目前台式机的分选速度为300个／秒，大型机的最高分选速度可达每秒上万个细胞。

　　2.分选纯度：指被分选出细胞所占的百分比，一般台式机和大型机的分选纯度均可达到99％左右。

　　3.分选收获率：指被分出细胞与原来溶液中该细胞的百分比。通常情况下，分选纯度和收获率是互相矛盾的，纯度提高，收获率降低，反之亦然。这是由于样品在液流中并不是等距离一个接着一个有序地排着队，而是随机的，因此，一旦两个不同细胞挨得很近时，在强调纯度和收获率不同条件下，仪器会作出取或舍的决定，因此，选择不同模式要视具体实验要求而定。

　　4.分选得率：是指从一群体细胞悬液中分辨出目的细胞的总量，再经分选后获得到目的细胞的实际得率。该得率与分选得速度密切相关。