最常用的染料有FITC和藻红蛋白类（PE）及罗丹明等。

　　FITC（异硫氰酸荧光素）：绿色530nm

　　PE（藻红蛋白）：橙黄色575nm

　　PerCP（多甲藻黄素叶绿素蛋白）：深红色675nm

　　PI（碘化丙啶）：橙红色620nm

　　488nm波长的氩离子激光激发

　　APC（别藻青蛋白）：红色660nm

　　630nm波长的氦氖激光或红色二极管激光激发

　　（二）免疫荧光标记

　　常用的标记染色为直接免疫荧光染色和间接免疫荧光染色。在进行双参数或多参数分析时，常常需要进行荧光抗体的组合标记，目前已经有双色、三色以及四色标记。

　　（三）细胞自发荧光

　　自发荧光信号为噪声信号，在多数情况下会干扰对特异荧光信号的分辨和测量。在免疫细胞化学等测量中，对于结合水平不高的荧光抗体来说，如何提高信噪比是个关键。一般说来，细胞成分中能够产生自发荧光的分子（例如核黄素、细胞色素等）的含量越高，自发荧光越强；培养细胞中死细胞／活细胞比例越高，自发荧光越强；细胞样品中所含亮细胞的比例越高，自发荧光越强。