这些方式各具特色，不同实验室可根据各自条件进行选择。 手动直接显微切割是早期的切割方式，它是直接在显微镜下手持切割用针分离组织或细胞群，此种方式切割精度低，只适用于对较大块组织中的局部区域或细胞群进行分离，切割单个细胞十分困难；机械辅助显微切割是利用普通光学显微镜的微调旋钮控制切割针切割细胞，可采用30G1/2注射用针替代需要专用拉丝设备制作的玻璃切割针，此方式切割精度较手动直接显微切割的精度有了提高，可以达到对较大的单个细胞的切割，而且此方式简单易行低耗，尤其适合于基层和无专用设备的单位，但由于显微镜的微调旋钮只能进行二微控制，对切割后的细胞进行收集较为困难，且切割精度仍然较低；液压控制显微切割是采用液压式显微操纵系统配合倒置显微镜进行显微切割，目前常用的操纵系统有日本的Narishige和德国的Eppendorf液压显微操纵系统，该系统同时可用在转基因动物及显微注射等实验中，它通过液压系统可提供X轴、Y轴和Z轴三个方向的精确的三微控制，其切割精度是目前各种方式中最高的，也是很多实验室常用的方法，其不足是不能实现显微切割的自动化，要收集较大量的目的组分时耗时长，效率低；激光捕获显微切割是目前最为先进的方式，它快速方便，可从大量的研究材料中迅速捕获较多的目的组分，自动化程度高，但这需要昂贵的专用设备。