显微切割的材料可以是以各种方式贴附于固相支持物上的各种组织细胞成分，其来源十分广泛，石蜡组织切片、冰冻组织切片、细胞铺片、细胞爬片、细胞甩片、培养细胞、常规制备的染色体等均可采用。具体选择何种材料根据研究目的的不同进行，如果显微切割后需要进行RNA分析则通常采用冰冻组织切片或新制备的细胞片；在回顾性研究中福尔马林固定石蜡包埋的组织切片应用最为广泛。