肠道有关的信号系统有Wnt、成骨蛋白、3，4，5-三磷酸磷脂酰肌醇激酶和Notch.

　　但是，Scoville教授说，试图模拟信号系统控制肠道干细胞是非常困难的。最近发隐窝内的柱状细胞具有自我更新和多向分化潜能。此外，大量证据支持标志保留细胞假定为干细胞，是位于潘氏细胞上。

　　因此，研究者认为这些都是肠道干细胞不同阶段的表现形式（静止期或活跃期），推测在不同微环境下可相互转换。