取患者发病早期的血液，脑脊液或尸检脑组织接种白蚊伊蚊 C6/36株或BHK-21等传代细胞培养，可分离到乙脑病毒。也可将标本接种乳小鼠脑内，但其敏感性低于细胞培养法。

　　（二）血清学检测

　　用免疫荧光法或 ELISA检测患者发病初期的血液或脑脊液中的病毒抗原，有助于早期诊断。用ELISA或免疫荧光法检测患者血清或脑脊液中的特异性IgM抗体，具有早期诊断意义。取患者急性期及恢复期双份血清，抗体效价呈4倍以上升高有诊断意义。