淋球菌的基因探针诊断，所用的探针有：质粒DNA探针，染色体基因探针和rRNA基因探针。
（1）质粒DNA探针
①隐蔽质粒DNA探针，淋球菌质粒分为三种：接合性质粒，分子最大，为36kbDNA；耐药性质粒包括两个质粒，DNA长分别为5.6kb和7.1kb；隐蔽质粒4.2kb.其中隐蔽质粒存在于96%的临床淋球菌分离株中，其它奈瑟菌不含有此质粒，故可用它的序列作为特异DNA探针检测淋球菌。Torres采用核酸杂交技术检测淋球菌，所用探针为隐蔽质粒。用该探针对134株淋球菌和131株相关菌株的检测，有124株淋球菌杂交反应阳性，占93%，还可与个别其它的奈瑟菌出现交叉反应，对测定探针的敏感性实验表明可检出102CFU淋球菌。研究证明隐蔽质粒中CPPB基因序列在所有的淋球菌染色体中（包括不含该质粒的菌株）。因此CPPB基因探针具有良好的特异性和敏感性。Torres等用CPPB基因探针检测了201份临床标本，采用非放射性地高辛标记系统，其敏感性和特异性分别为95%和98%.
②耐药性质粒DNA探针
淋球菌的抗药质粒可分为：①产青毒素酶淋球菌（PPNG）其β-内酰胺酶阳性；②具有高水平的质粒介导的耐四环素淋球菌（TRNG）。
PPNG菌株是1976年首次在实验室分离得到的，该菌中含有编码产青毒酶的基因，该基因既可整合于染色体上也可出现在质粒DNA中，而后者居多，称之为产青毒素酶质粒，质粒有二种，大小分别为7.4kb和5.3kb.Pescador1998年设计一特异的检测淋医学教`育网搜集整理球菌编码β-内酰胺酶基因的探针，采用酶化学发光法标记，液相杂交，用测光计测是特异杂交体的光量。在4h内可检测104～105CFU的PPNG菌株。TRNG菌株虽对四环素耐药，但通常对β-内酰胺酶类及喹诺酮类抗菌素敏感。因此，在实验室药敏检测中可归为敏感细菌。Pescador用抗四环素淋球菌（TRNG）tetm基因的寡核苷酸探针，该基因介导抗四环素，用酶化学发光标记，液相杂交，4h内可直接从临床标本中检出含有tetm基因的1.5×104CFu的淋球菌。
（2）染色体探针
染色体探针包括已知功能的基因探针，如菌毛DNA探针和paI基因探针，这些基因在淋球菌感染人细胞的过程中起着重要作用；未知功能的基因探针，这些探针序列与染色体的特定序列互补，但目前还不知这些基因序列的功能。以上两种染色体探针由于在淋球菌中互补序列的拷贝数较低，检测灵敏度较低，因此一般用的不多，除非有特殊的研究目的。
（3）rRNA基因探针
rRNA基因探针是将与rRNA互补的DNA作为探针，该探针的靶序列是rRNA序列。rRNA的基因探针的特点是：①可以增加探针检测的灵敏度，rRNA基因探针可同时检测rRNA分子和DNA分子；②rRNA具有进化上的保守性；③杂交方法简便、快速；④由于rRNA的含量较高，标本不需增菌。美国Gen-Probe公司生产的淋球菌检测探针PACEC，是以rRNA及其基因为检测靶序列，采用放射性标记，在2h内可以完成检测，Peter用这种探针检测395个临床标本，结果灵敏度和特异性分别为92.9%，99.4%，他认为PACEC系统筛查临床标本中淋球菌是一个可靠的方法。该探针还可以检测无症状淋球菌感染者，这是目前培养难于达到的。
