基因敲除小鼠就是先在小鼠的胚胎干细胞上通过基因重组的办法进行基因修饰——就是将胚胎干细胞中的靶向基因改掉，然后将“修饰”后的胚胎干细胞植入小鼠的早期胚胎，生成嵌合体小鼠。这种嵌合体小鼠长大后，体内同时存在被“修饰”过的基因和未被“修饰”的基因医学教育网搜集整理。如果某些小鼠的生殖细胞恰巧被“修饰”过了，则它们就会生出基因完全被“修饰”过的小鼠。

　　这种方法本身就是生物医学领域里一项极具开创性的方法，同时，由于人类基因与小鼠基因有90％以上的相似性，因此它在理论上具备了用于心脏病、糖尿病等人类遗传因素引发的疾病研究的可能。