补体的生物学功能有以下两点：
1.膜攻击复合物介导的生物学作用
补体系统被激活后，可在靶细胞表面形成攻膜复合体，从而导致靶细胞溶解，这种补体介导的细胞溶解是机体抵抗微生物感染的重要防御机制。
2.补体活性片段介导的生物学作用
（1）引起炎症反应
补体活化过程可产生多种具有炎症介质作用的活性片段，如C3a、C4a和C5a等，又被称为过敏毒素，它们作为配体与细胞表面相应受体结合，激发细胞脱颗粒，释放组胺之类的血管活性介质，从而增强血管通透性并刺激内脏平滑肌收缩。过敏毒素也可与平滑肌结合并刺激其收缩。三种过敏毒素中，以C5a的作用最强。C5a还是一种有效的趋化因子。
（2）调理作用
血清调理素与细菌及其他颗粒物质结合，可促进吞噬细胞的吞噬作用。补体激活过程中产生的C3b、C4b和iC3b均是重要的调理素，可与中性粒细胞或巨噬细胞表面相应受体结合，促进吞噬细胞黏附、吞噬及杀伤微生物。
（3）清除免疫复合物
体内中等分子量的循环免疫复合物（IC）可沉积于血管壁，通过激活补体而造成周围组织损伤。补体成分通过与IgFc段结合，一方面可改变Ig的空间构象，抑制新的IC形成，并插入免疫复合物的网格结构，溶解已沉积的IC；C3b与IC中的抗体结合，再与表达CR1和CR3的血细胞（主要为红细胞）结合，并通过血流运送至肝而被清除。
（4）清除凋亡细胞
在生理条件下，机体经常产生大量凋亡细胞，多种补体成分（如C1q、C3b和iC3b等）均可识别和结合凋亡细胞，并通过与吞噬细胞表面相应受体相互作用而参与对这些细胞的清除。
（5）补体参与免疫应答的诱导
C3等可参与固定抗原，使抗原易被APC处理与递呈。补体活化片段C3d可与BCR共受体复合物CR2（即CD21）/CD19/CD81中的CR2结合，同时通过抗原与BCR相连，促使BCR-共受体交联，促进B细胞活化；补体调节蛋白CD55、CD46和CD59能介导细胞活化信号，参与T细胞活化。
（6）补体参与免疫应答的增殖分化
补体成分可与多种免疫细胞相互作用，调节细胞增殖、分化。不同的C3活性片段可选择性作用于不同淋巴细胞亚群，在免疫调节中发挥重要作用。
（7）补体参与免疫应答的效应阶段
补体具有细胞毒作用、调理作用以及清除IC作用等，还参与调节多种免疫细胞效应功能，如杀伤细胞结合C3b后可增强对靶细胞的ADCC作用。
（8）补体参与免疫记忆
记忆细胞的存活需要抗原的持续刺激，免疫复合物可通过沉积于其表面的补体与滤泡树突状细胞（FDC）表面CR1和CR2相互作用而被滞留于生发中心，以免疫复合物形式存在的抗原得以持续刺激生发中心的记忆B细胞，从而维持后者的存活。
