由于中药有效成分类型不同，性质各异，所以选择色谱条件是不同的。

一般生物碱的分离可用硅胶或氧化铝柱色谱，对于极性较高的生物碱可用分配色谱，而对季铵型水溶性生物碱也可用分配色谱或离子交换色谱。

苷类的色谱分离往往决定于苷元的性质，如皂苷、强心苷，一般可用分配色谱或硅胶吸附色谱。

挥发油、甾体、萜类包括萜类内酯，往往首选氧化铝及硅胶色谱。

黄酮类化合物、鞣质等多元酚衍生物可用聚酰胺吸附色谱。

有机酸、氨基酸一般可选用离子交换色谱，有时也用分配色谱。有些氨基酸也可用活性炭吸附色谱。

对于大分子化合物，如多肽、蛋白质、多糖，常用凝胶色谱。

总的来说，对非极性成分往往考虑用氧化铝或硅胶吸附色谱；若极性较大则采用分配色谱或弱吸附剂吸附色谱；对酸性、碱性、两性成分可采用离子交换色谱，有时也可用吸附色谱及分配色谱等。