慢性胃炎的过程是胃黏膜损伤与修复的一种慢性过程，主要组织病理学特征是炎症、萎缩和肠化生。炎症表现为黏膜层以淋巴细胞和浆细胞为主的慢性炎症细胞浸润，当见有中性粒细胞浸润时显示有活动性炎症，称为慢性活动性胃炎。慢性炎症进一步发展则引起胃黏膜固有腺体（幽门腺或泌酸腺）数量减少甚至消失，并伴纤维组织增生、黏膜肌增厚，严重者胃黏膜变薄（在慢性炎症过程中，胃黏膜也有反应性的增生变化，如果胃上皮或化生的肠上皮过度增生，即萎缩过形成时胃黏膜可不薄），此即萎缩性胃炎。当胃固有腺体为肠腺样腺体所代替，称为肠化生。胃上皮或化生的肠上皮在再生过程中可形成异型增生。病理组织学检查可发现幽门螺杆菌。