伊红是酸性染料，它能与嗜酸性物质相结合，而嗜酸性物质本是是碱性蛋白质（如血红蛋白、嗜酸性颗粒等带正电荷的蛋白），最后医学教.育网搜集整理将其染成红色；反过来亚甲蓝是碱性染料，与酸性蛋白（如淋巴细胞胞质等带负电的蛋白）相结合，将其染成蓝色。
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