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主要根据细菌的形态、生化反应、抗原分析及核酸相关性进行分类。

根据《伯杰系统细菌学手册》（1984年）将肠杆菌科的细菌分为20个属，即埃希菌属、志贺菌属、沙门菌属、耶尔森菌属、枸橼酸杆菌属、克雷伯菌属、肠杆菌属、多源菌属、沙雷菌属、变形杆菌属、普罗威登菌属、哈夫尼亚菌属、爱德华菌属、摩根菌属等。