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肿瘤标志物可存在于细胞表面、细胞质、细胞核和细胞外（血液，体液中）。肿瘤标志物的分类和命名尚未完全统一，体液中的肿瘤标志物一般分为，胚胎抗原类、糖链蛋白类、激素类、酶和同工酶类及癌基因产物类等。

1.胚胎抗原类：如AFP，CEA等，是从肝癌、结肠癌的组织中发现的，而胚胎时期的肝、胃肠管组织也能合成，并存在于胎儿的血清中，因此称为胚胎抗原。

2.糖链抗原类：是用各种肿瘤细胞株制备单克隆抗体，来识别的肿瘤相关抗原，大多是糖蛋白或粘蛋白，如CA125，CA15-3，CA19-9等。

3.激素类：正常情况下不产生激素的某些组织，在发生恶变时能产生和释放一些肽类激素（异位内分泌激素）并导致相应的征候群，因此，这些异位内分泌激素升高也可作为肿瘤相关的标志物，如小细胞肺癌可分泌促肾上腺皮质激素（ACTH），患甲状腺髓样癌时降钙素升高，患绒毛膜上皮细胞癌时hCG明显升高。

4.酶和同工酶类：当机体某个部位发生肿瘤时，肿瘤细胞代谢异常，使某些酶或同工酶合成增加；或由于肿瘤组织的压迫和浸润，导致某些酶的排泄受阻，使肿瘤患者血清中酶活性异常升高。酶是较早发现并用于临床诊断的一类肿瘤标志物，如患肝癌时γGT升高，患前列腺癌时PAP升高等。

5.蛋白质类：β2微球蛋白，铁蛋白等在肿瘤发生时会升高；多发性骨髓瘤时本-周蛋白阳性，是临床常用的肿瘤标志物。

6.癌基因产物类：癌基因的激活和抑癌基因的变异，可使正常细胞发生恶变，导致肿瘤的发生。因此，癌基因表达的蛋白可作为肿瘤标志物，如ras基因蛋白，myc基因蛋白，p53抑癌基因蛋白等。