目前应用较多且成熟的方法是限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)。即当DNA序列中某一个碱基发生突变,使突变所在部位的DNA序列获得或丢失某种限制性核酸内切酶位点;或当DNA分子内部发生较大的顺序突变如缺失、重复、插入,或DNA高变区内某串联重复顺序的拷贝数不同致使其两侧限制性核酸内切酶位点发生相对位移时,利用相应的限制性核酸内切酶消化此DNA,便会产生与正常不同的限制性片段。这样,在同种生物的不同个体中就会出现不同长度的限制性片段类型。