扁平占藓的病因不明，从临床与基础的研究中，发现有关的因素很多。日前一般认为发病可能与心理因素、内分泌因素、病毒感染、自身免疫和遗传有关。
1.心理因素
OLP的发生、发展与身心因素有密切关系。50%左右的0LP患者有精神创伤史（如下岗失业、亲属亡故、婚恋纠纷），或生活压力过大，又不善于与人沟通，无法释放情绪等导致心情不畅、焦虑的因素。临床中常见到因这种心理异常导致机体功能紊乱，促使OLP发病，病情加重，或反复发作、迁延不愈。
2.内分泌因素
流行病学调查发现，中年女性OLP发病率较高。研究表明医学教|育网搜集整理，女性OLP患者月经期及绝经期血浆雌二醇（E2）及睾酮（T）含量低于对照组，而男性患者血浆中E2下降。同时在OLP组织切片中雌激素受体（ER）表达显著低于对照组。一些女性OLP患者在妊娠期间病情缓解，哺乳期过后月经恢复时，病损复发。
3.免疫因素
病理检查可见OLP上皮固有层内有大量淋巴细胞呈密集带状浸润是其典型病理表现之一，因而考虑0LP与免疫因素有关。浸润的淋巴细胞以T淋巴细胞为主，应用抗T细胞亚群的单克隆抗体对其性质及分布情况进行研究，发现在病损的早期主要由辅助诱导性T细胞（Th）和单核一巨噬细胞介导，T4/T8比例增高；在病损的后期是以抑制细胞毒性T细胞（Ts/Tc）所介导，T8细胞增多，T4/T8比例下降，且T8细胞多靠近基底膜区分布提示OLP可能是一种由T细胞介导的免疫反应性疾病。临床上使用皮质激素及氯喹等免疫抑制剂治疗有效，也证明本病与免疫因素有关。
4.感染因素
可能足致病因素之一，Lipschutz曾发现病损内有包涵体存在并认为是病毒感染的证据。但有些学者在实验中未得到任何病毒感染的证据。国内有学者提出0LP发病与幽门螺杆菌（HP）感染有关，并有抗HP治疗后有效的报告。但因HP在人群中感染较广泛，亚型也较多，尚需进一步观察。有学者用PCR法检测发现OLP患者外周血中丙型肝炎RNA较对照组显著增高，其与OLP的关系尚需进一步观察。
5.微循环障碍因素
对OLP患者及正常人的唇、舌黏膜、甲皱、舌菌状乳头医学教|育网搜集整理、眼球结膜等血管微循环的观察发现，OLP患者微血管形态改变明显，其扩张、淤血者显著高于正常组；其微血管血流的流速亦较正常组明显减慢。0LP患者血液流变异常者占57.14%，显著高于健康中、老年人中的27.81%～30.35%.患者的红细胞电泳时间、全血比黏度、还原黏度、红细胞聚集指数均高于正常组。说明微循环障碍及高粘血症与0LP有关。
6.遗传因素
曾在一个家庭中发现有数人发病；有些患者有家族史。有的学者发现OLP的HLA抗原的A3、B5、B8位点有异常，频度增高。
