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（一)在组织结构方面的应用
人体是一个有机整体。组成人体的所有脏腑、经络、形体组织，既是有机联系的，又都可以根据其所在部位、功能特点划分为相互对立的阴阳两部分。即“人生有形，不离阴阳”。主要表现于脏腑形体分属阴阳和经络系统分属阴阳等方面。“背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也；腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。”
（二)在病理方面的应用
阴阳失调是疾病的基本病机之一。医学敎育网搜集整理阴阳学说用以阐释人体的病理变化，主要表现为分析病因的阴阳属性和分析病理变化的基本规律。诸如阴阳偏盛、阴阳偏衰，以及阴阳互损等。
（三)在疾病治疗方面的应用
阴阳偏盛的治疗原则：阴阳偏盛表现为邪气盛的实证，故治疗时采用“泻其有余”（实者泻之)的原则。凡阴盛的实寒证，用“寒者热之”的治则；阳盛的实热证，用“热者寒之”的治则。此外，临床上还必须根据病程的长短，注意其有无相应的或阴或阳的损伤情况。因为阴盛可以导致阳气损伤（阴长阳消)，阳盛可以导致阴液耗损（阳长阴消)。如果阴或阳偏盛而其相对的一方并没有造成明显的虚损时，只需采用单纯的“泻其有余”治则即可；若其相对的一方已有明显的偏衰时，则当兼顾其虚弱的一面，即在“泻其有余”的同时，配用“补其不足”（补阳或补阴)之法。
阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰表现为正气不足的虚证，故治宜采取“补其不足”（虚者补之)的原则。凡阴虚不能制阳而致阳亢（阴消阳长)的虚热证，宜用补阴治之；阳虚不能制阴而致阴盛（阳消阴长)的虚寒证，宜用补阳治之。这种治疗原则，称之为“阳病治阴，阴病治阳”；又称作“壮水之主，以制阳光”，“益火之源，以消阴翳”。这是针对单纯虚证的治疗原则。若虚中夹实病证，则当兼顾其实的一面，即在“补其不足”的同时，配用“泻其有余”（泻其阳亢或阴盛)之法。
（四)在疾病诊断方面的应用
中医学诊断疾病包括诊察疾病和辨识证候两方面。故称“善诊者，察色按脉，先别阴阳”。主要表现于分析四诊资料和概括疾病证候的阴阳属性两方面。
望、闻、问、切四诊所收集到的症状和体征，常用阴阳来进行分析。如望诊方面，以色泽分阴阳，则鲜明者属阳，晦暗者属阴。切诊方面，以脉象分阴阳，则浮、数、洪、滑等属阳，沉、迟、细、涩等属阴。闻诊方面，以语声分阴阳，则高亢洪亮者属阳，低微无力者属阴。问诊方面，以寒热喜恶分阴阳，则喜寒恶热属阳，喜热恶寒属阴。在症状与体征方面分清了阴阳属性，就为辨证时区别阴阳证候，提供了可靠的依据。
阴阳是“八纲辨证”的总纲。临床辨证中首先分别阴阳证候，有利于认清疾病的本质，并起到执简驭繁的作用。阴阳又可作为虚证以及脏腑辨证之“目”。如对虚证的分类，除气虚、血虚外，还有阴虚、阳虚两类；结合脏腑辨证来分析，许多脏腑疾病的证候中，亦有阴虚、阳虚证，如心阴虚、心阳虚、肾阴虚、肾阳虚等等。外科病中的阴证、阳证，亦具有特殊的含义。属于阳证类的疾病，如疖、痈、丹毒、脓肿等，多为急性感染性疾病，表现为红、肿、热、痛等症状；属于阴证类疾病，如结核性感染、肿瘤等，多为慢性疾病，表现为苍白、平塌、不热、不痛或隐痛等症状。
（五）在疾病治疗方面的应用
调整阴阳，使之恢复或保持相对平衡，达到阴平阳秘，是防治疾病的基本原则。主要表现在如下方面：
1.指导养生
根本原则是要求“法于阴阳”，即遵循自然界阴阳变化的规律来调理人体之阴阳，使其与四时阴阳的变化相适应，以保持人与自然界的协调统一，从而能够保持身体健康，益寿延年。
2.确定治疗原则
阴阳偏盛的治疗原则：阴阳偏盛表现为邪气盛的实证，故治疗时采用“泻其有余”（实者泻之）的原则。凡阴盛的实寒证，用“寒者热之”的治则；阳盛的实热证，用“热者寒之”的治则。此外，临床上还必须根据病程的长短，注意其有无相应的或阴或阳的损伤情况。因为阴盛可以导致阳气损伤（阴长阳消），阳盛可以导致阴液耗损（阳长阴消）。如果阴或阳偏盛而其相对的一方并没有造成明显的虚损时，只需采用单纯的“泻其有余”治则即可；若其相对的一方已有明显的偏衰时，则当兼顾其虚弱的一面，即在“泻其有余”的同时，配用“补其不足”（补阳或补阴）之法。
阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰表现为正气不足的虚证，故治宜采取“补其不足”（虚者补之）的原则。凡阴虚不能制阳而致阳亢（阴消阳长）的虚热证，宜用补阴治之；阳虚不能制阴而致阴盛（阳消阴长）的虚寒证，宜用补阳治之。这种治疗原则，称之为“阳病治阴，阴病治阳”；又称作“壮水之主，以制阳光”，“益火之源，以消阴翳”。这是针对单纯虚证的治疗原则。若虚中夹实病证，则当兼顾其实的一面，即在“补其不足”的同时，配用“泻其有余”（泻其阳亢或阴盛）之法。
3.归纳药物性能
药物的性能，主要依靠其性、味和升降浮沉来决定，此又皆可用阴阳来归纳说明。
药性：主要有寒、热、温、凉四种，又称“四气”。其中寒、凉属阴，热、温属阳。能减轻或消除热证的药物，一般属于寒性或凉性；能减轻或消除寒证的药物，一般属于热性或温性。
药味：主要有酸、苦、甘、辛、咸五种，称为“五味”，另还有一种淡味。其中辛、甘、淡属阳；酸、苦、咸属阴。
升降浮沉：医学敎育网搜集整理是指药物作用的趋向。升是上升，降是下降，浮是发散，沉是泄利。升与降、浮与沉的性质都是相反的，用阴阳来归纳，升浮之药，其性多有上升、发散的特点，故属阳。沉降之药，其性多有收涩、泻下、重镇的特点，故属阴。
