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（一）在生理方面的应用
1.说明五脏的生理特点
主要以五行的特性来说明五脏的生理功能。如木有生长、升发、舒畅、条达的特性，而肝喜条达而恶抑郁，有疏通气血，调畅情志的功能，故以肝属木。余依此类推。
2.构建天人一体的五脏系统
主要以五行特性的类比和推演络绎，以五脏为中心，联系人体的各种组织结构与功能，将人体的形体、官窍、精神、情志等分别归属于五脏，构建了以五脏为中心的生理病理系统。并将自然界的五方、五气、五色、五味等与人体的五脏系统联系起来，建立了以五脏为中心的天人一体的五脏系统，从而使人体内外环境联结成一个密切联系的整体。
3.说明五脏之间的生理联系
主要表现于：一是以五行相生说明五脏之间的资生关系。如肝生心，木生火，即肝藏血以济心，肝之疏泄以助心行血等。二是以五行相克关系说明五脏之间的制约关系。如-肾制心，水克火。即肾水可以上济心阴，以防止心火之亢盛等。三是以五行的制化和胜复来说明五脏之间的自我调节，以保持其整体的协调平衡和人体内环境的统一。
（二）在病理方面的应用
五行学说应用于病理方面，主要在于阐释五脏病变的相互影响和相互传变。主要表现为如下方面：一是相生关系的传变，包括“母病及子”和“子病及母”两方面。二是相克关系的传变，包括“相乘”传变和“相侮”传变两方面。并根据相生传与相克传，以推断病情的轻浅或深重。故说：“邪挟生气而来，则虽进而易退”；“受我之气者，其力方旺，还而相克，来势必甚。”“所不胜，克我者也，脏气本已相制，而邪气挟其力而来，残削必甚，故为贼邪”；“所胜，我所克也。脏气既受制于我，则邪气亦不能深入，故为微邪。”
此外，五行学说还用以阐释五脏发病与季节的关系。
（三）在疾病诊断方面的应用
主要在于分析四诊所收集的外在表现，依据五行属性归类和五行生克乘侮规律，以确定五脏病变的部位，并推断病情的轻重顺逆。
从本脏所主的色、味、脉来诊断本脏病。如面见青色，喜食酸味，脉现弦象，可以诊断为肝病；面色赤，口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛。
从出现他脏所主的色、脉来分析五脏疾病的传变情况。如脾虚病人，面见青色，脉现弦象，为肝病传脾（木乘土）；肺病之人，面见红色，脉现洪象，为心病传肺（火乘金）。五脏中任何一脏有病，都可以传及其他四脏，用五行学说来分析，存在着相乘、相侮、母病及子和子病及母四种传变关系。
从面部五色“主色”、“客色”的生克关系，来推断病情的顺逆。所谓“主色”，是指五脏的本色。“客色”，则为应时之色。“主色”胜“客色”，其病为逆；反之，“客色”胜“主色”，其病为顺。
从色与脉之间的生克关系来判断疾病的预后。如肝病面色青，见弦脉，为色脉相符。如果不见弦脉，反见浮脉，则属相胜之脉，即克色之脉（金克木），为逆，主预后不良。若见沉脉，则属相生之脉，即生色之脉（水生木），为顺，主预后良好。
故说：“见其色而不得其脉，反得其相胜之脉，则死矣。得其相生之脉，则病已矣”。
（四）在疾病治疗方面的应用
主要表现在如下方面：
1.指导脏腑用药
药物“五色”、“五味”与五脏之关系，是以天然色味为基础，以其不同性能与归经为依据，按五行属性来确定的。临床脏腑用药除根据五色、五味归属指导运用外，还应结合药物的四气（寒、热、温、凉）和升降浮沉理论来综合分析，辨证应用。
2.控制五脏疾病的传变
运用五行母子相及与相乘、相侮关系来说明五脏疾病的相互传变。掌握了五脏疾病的传变规律以后，临床上除针对有病脏器进行治疗外，还应注意其可能被传及的脏器，采取预防性治疗措施，控制其传变。如说“见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气”。另外，疾病的传变与否，主要取决于脏气的盛或衰。而“盛则传，虚则受”，则是五脏疾病传变的基本规律。
3.确定治疗原则
根据相生关系来确定治疗原则，可以概括为补母和泻子，即所谓的“虚者补其母，实者泻其子”。补母，是针对具有母子关系的虚证而治疗，如肝虚补肾，因为肾为肝之母，所以补肾水可以生肝木。泻子，是针对具有母子关系的实证而治疗，如肝实泻心，因为心为肝之子，所以泻心火有助于疏泻肝木。
根据相克关系来确定治疗原则，可以概括为抑强和扶弱，即泻其克者之强，补其被克者之弱。如肝木太过而乘脾土，肝木太过为强，必须泻之，脾土被乘为弱，必须补之。
4.制订治疗方法
药物疗法方面，依据五行相生规律确定的治法，常用的有滋水涵木、益火补土、培土生金和金水相生等法。医学敎育网搜集整理依据五行相克规律确定的治法，常用的有抑木扶土、培土制水、佐金平木和泻南补北等法。
针灸疗法方面，例如依据“五输穴”的五行属性及其生克关系，来进行选穴治疗等方法。
精神疗法方面，可利用情志之间的五行克制作用，来达到调节异常情志变化，恢复其正常的情志活动。如悲可以胜怒，是因为悲为肺志属金，怒为肝志属木，金能克木之故。
