该指南由卫生部、总后卫生部联合发布，主要就申报原则、重点内容方向、推荐要求和申报要求等作出解释。

根据指南，新增课题将按照“培育重大产品，满足重要需求，解决重点问题”的原则进行组织。新增课题应针对严重危害人民健康的多发病和常见病（如儿科疾病、老年病等），自主创制或技术改造符合“三重”要求的药物品种。支持开展具有重要临床价值新适应证药物研究、以结局研究为主的注册研究和个体化治疗药物研究。在平台建设中，主要支持企业主导的研发中心、技术创新平台或产学研联盟建设；依托高新园区（扶持中小创新型企业，特别是生物技术企业）开展的创新品种研发、公共服务平台建设；针对民生和疑难病症防治需求，突出技术的先进性、产业化能力和广泛提供技术服务的特征；以及符合新药研发需求和国际规范的临床试验技术平台。同时，瞄准国际技术前沿，开展有助于解决瓶颈性问题的关键技术和具有战略作用的培育性技术研究，包括合成生物学技术研究、制药工艺创新、大分子药物摄药、释药工艺技术研究等。该指南强调，核心技术研发必须与产品开发和平台建设相结合。