肠套叠的病因及其发病机制至今尚未完全明了。一般将肠套叠分为原发性与继发性两种。约95％的小儿肠套叠属于原发型，在腹腔内发生肠套叠的肠段及其附近肠管找不出显著的器质性因素。5％左右的病例为继发型，多数是儿童，由于肠管有一种明显的机械原因，如梅克尔憩室翻入回肠腔内，成为肠套叠的起点，又如肠息肉、肿瘤、腹部紫癜之肠壁血肿等也可牵引肠壁而发生肠套叠。